Могилів-Подільський район знаходиться на південному заході Вінницької області та межує з Чернівецьким, Ямпільським, Мурованокуриловецьким та Шаргородським районами. По річці Дністер проходить державний кордон з сусідньою республікою Молдова, довжина якого біля 50 км. Території населених пунктів восьми сільських рад перемежовуються з Молдовою.